O Departamento de Ciências da Educação tem dois órgãos: o Conselho do Departamento e o Director do Departamento.

O Conselho do Departamento funciona em plenário (com a presença de todos os docentes do Departamento) e em comissão permanente (com a presença de todos os docentes em serviço no Departamento e titulares do grau de Doutor).

Um conjunto de estruturas de carácter permanente integram, ainda, o Departamento: Centros de Estudos, Coordenadores de curso, Comissões de apoio à gestão e Secretariado administrativo.